真核生物細胞狀態是由內源和外源因素共同影響的，所有信號傳遞途徑的終點都是DNA。DNA通過核蛋白復合物組成染色質，染色質基因調控的一個重要作用位點。轉錄激活因子和輔助抑制因子的研究顯示存在一種新的調節機制 “組蛋白密碼”，其信息存在于組蛋白的轉錄后修飾等過程中。該類修飾包括組蛋白磷酸化、乙?；?、甲基化、ADP-核糖基化等過程。隨著越來越多組蛋白核心結構區域和羧端修飾的確定，組蛋白密碼在控制和調節基因功能過程中的作用越來越明確。參與修飾的酶根據其作用的不同而分類：如組氨酸乙酰轉移酶（HATs）可以將乙?；鶊F轉到組蛋白上；組蛋白去乙酰酶（HDACs）可以去除氨基酸上的乙?；鶊F；組蛋白甲基轉移酶（HMTs）可以將甲基基團轉移到組蛋白上等。不同組氨酸修飾標記對應于不同的生物學過程，它可以作為調節因子的作用位點，也可以用來改變染色質結構。

凝膠電泳遷移率改變分析（EMSA）是目前研究轉錄調控蛋白和相應核苷酸序列結合的常用方法，但是由于許多轉錄調控蛋白有相似或相同的DNA結合位點，這種體外分析獲取的結果不一定能真實地反映體內轉錄調控蛋白和DNA結合狀況。染色質免疫沉淀分析（ChiP）是基于體內分析發展起來的方法，它能真實、完整地反映結合在DNA序列上的調控蛋白。它是目前確定與特定蛋白結合的基因組區域或確定與特定基因組區域結合的蛋白質的最好方法。ChiP技術和芯片技術的結合有利于確定全基因組范圍內染色體蛋白的分布模式以及組蛋白修飾情況。
 

圖：ChiP技術的示意圖：

甲醛處理使蛋白質與DNA交聯；

超聲波將染色質打斷成一定大??；

通過抗體沉淀蛋白質－DNA交聯復合體；

解除交聯，純化DNA；

實時定量PCR檢測DNA的量

應用：

組蛋白修飾酶的抗體作為“生物標記”轉錄調控分析

藥物開發研究

有絲分裂研究

DNA損失與凋亡分析

試劑盒組分?

ssDNA/Protein A Agarose?

ssDNA/Protein A agarose ?

ssDNA/Protein G Agarose?

ChIP Dilution Buffer?

Low salt wash buffer?

High salt wash buffer?

LiCl Wash Buffer?

TE Buffer?

0.5M EDTA?

5M NaCL?

1M Tris-HCl, pH 6.5?

SDS Lysis Buffer
 

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